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El filósofo neoplatónico Plotino notó que es racionalmente incoherente pensar que la mente pudiera surgir de la materia o estar supeditada a ella

Pese a lo que algunos filósofos y físicos materialistas sostienen, resulta evidente que somos conscientes y que la conciencia es el acto primordial íntimo que define la experiencia de ser humanos. De aquí que la gran pregunta que enfrentan la ciencia cognitiva y la filosofía de la mente es explicar qué es la conciencia y cómo surge -o si es que surge y no es, más bien, algo que siempre ha existido-. Para la mayoría de los científicos, la conciencia debería de ser algo que surge de la materia; después de todo, el ser humano y los animales -que muestran tener al menos algún grado de conciencia- son el resultado de un largo proceso evolutivo, de formas materiales más simples a formas más complejas. Sin embargo, aunque es evidente que el cerebro animal ha evolucionado materialmente de tal forma que permite acomodar la experiencia consciente racional, esto no es lo mismo a comprobar que la conciencia ha surgido de la materia, pues no resulta claro que el cerebro sea igual a la conciencia. Como se dice comúnmente, correlación no es igual a causación, y el hecho de que los eventos materiales estén relacionados a experiencias conscientes no significa que las causen, de la misma manera que una televisión no crea las imágenes que se pueden sintonizar en ella. Es por esto que la conciencia ha sido llamada por David Chalmers "el problema duro de la ciencia" y que actualmente existe una importante tendencia entre filósofos y científicos -como Christof Koch, Galen Strawson o Thomas Nagel- a considerar que el panpsiquismo (la idea de que todas las cosas tienen en menor o mayor grado una cualidad mental inherente) es la explicación más coherente para la existencia de la conciencia, ya que suponer que la conciencia pudo haberse producido en algún punto del tiempo, gracias a la mera complejidad de la materia, supone un infinito salto cualitativo -y no una mera acumulación de complejidad-, algo completamente nuevo y radical. Esto es, el problema lógico de que lo mental pueda surgir de lo no mental, algo comparable a que el ser pueda surgir del no-ser. La noción de que la conciencia pueda surgir de la materia como una propiedad emergente es refutada por Thomas Nagel: 

No hay realmente propiedades emergentes de sistemas complejos. Todas las propiedades de sistemas complejos que no son relaciones entre sí y algo más derivan de las propiedades de sus constituyentes y sus efectos entre sí cuando son combinadas.

En otras palabras, la conciencia no puede "emerger" de un sistema complejo que no es consciente, pues un conjunto de moléculas inconscientes, no obstante la riqueza y complejidad de sus relaciones con más materia, no pueden transferir conciencia a otras moléculas. Para los panpsiquistas, debe de haber ya en la estructura de la materia al menos lo que podemos llamar una protoconciencia, una cualidad mental, o una subjetividad. 

Pese a que la formulación de los panpsiquistas es filosóficamente más racional y coherente -y existen diversos tipos de panpsiquismo-, su modelo sigue estando dentro de un paradigma materialista, al menos en las formulaciones que dominan actualmente el campo. Se cree aquí que la conciencia es algo que existe en la materia,  no un epifénomeno o una propiedad emergente, sino más bien una propiedad de la materia en sí, quizá a nivel cuántico. Este panspiquismo moderno suele ser completamente inmanente: no acepta una mente universal o un principio mental trascendente que hace posible la experiencia consciente, sino que limita la experiencia consciente a la presencia material.

Si bien, como mencionamos antes, existen diferentes grados y estilos de panpsiquismo, la moda panpsíquica moderna que vive actualmente su gran momento entra en conflicto con el idealismo y en general con la filosofía religiosa, donde en líneas generales es la materia la que es una función de la mente o espíritu, y los mismos cuerpos materiales evolucionan teleológicamente, es decir, con un propósito o hacia un fin, moldeados por leyes universales que revelan un principio de inteligencia que permea y trasciende el cosmos. La noción de "mente sobre materia" es una noción idealista que podemos observar en su más clara y completa manifestación en la filosofía de Plotino. Plotino fue el filósofo que revitalizó la escuela platónica en la antigüedad tardía, siendo el más importante exponente de lo que ha sido llamado el neoplatonismo. Según su discípulo y biógrafo Porfirio, Plotino tenía una tendencia espiritual que lo hacía casi avergonzarse de habitar en un cuerpo y estar sujeto al cosmos material. El mismo Porfirio famosamente relata que su maestro logró alguna forma de henosis, o unión con el Uno (la divinidad absoluta) durante su vida. A propósito de la publicación de una nueva traducción al inglés de las Enéadas de Plotino (una edición crítica autorizada, realizada por Lloyd Gershon), el filósofo David Bentley Hart resume la postura de Plotino:

Plotino dio una expresión exquisitamente refinada a la intuición antigua de que el orden material no es la base del mental, sino al revés. Esto no es sólo una intuición eminentemente racional; es quizá la única imagen racional de la realidad en su totalidad. La mente no surge de la materia sin mente, como a la moda filosófica moderna le gustaría. La sugerencia de que esto ocurre es tanto una imposibilidad lógica como un absurdo fenomenológico. Plotino y sus contemporáneos entendieron que todas las cosas que caracterizan más esencialmente el acto de la conciencia racional -su irreductible unidad de aprehensión, su estructura teleológica, la sintaxis racional del razonamiento y así sucesivamente- son intrínsecamente incompatibles, y no podrían emerger lógicamente de una realidad material desprovista de mente. Al mismo tiempo, no pudieron dejar de notar que existe una constante relación entre el acto racional de la conciencia y la inteligibilidad del ser, una correlación que es inimaginable si la estructura de la realidad no fuera de entrada racional. Felizmente, en la época de Plotino nadie había propuesto la esencialmente mágica teoría de la percepción como representación. Por ello, Plotino estaba completamente en lo correcto al intentar entender la estructura de la totalidad de la realidad contemplando internamente la estructura de la mente; y estaba igualmente en lo correcto al suponer que la reciprocidad entre la mente y la realidad objetiva debía apuntar hacia una realidad más simple y más capaz que ambas: una inteligencia primordial, el nous, y una unidad original, el Uno, que genera, sostiene y engloba a todas las cosas. Y ningún otro pensador de la antigüedad exploró estas cuestiones con mayor persistencia, rigor y originalidad de lo que lo hizo Plotino.

Los filósofos platónicos tomaron de Parménides la identidad entre ser y pensamiento (o ser y conciencia). Esto es, como explica Eric Perl en su libro Theophany, no sólo que "el ser y la inteligibilidad son coextensos", sino que: 

la inteligibilidad es en realidad el significado del ser: por ser sólo podemos significar "lo que está allí para el pensamiento'', pues ya que el pensamiento no se puede extender a algo más [es decir al no-ser], todo "algo más" es mero ruido vacío -en corto, nada-.

No hay ser sin conciencia, ni hay conciencia sin ser. Esto es algo que también entendieron en la India, con el famoso Sat-Chit-Ananda, las tres cualidades del absoluto o de la divinidad (ser, conciencia y gozo). 

Platón y sus discípulos adoptarían este principio de identidad entre el ser y el intelecto, pero modificarían la visión de Parménides en la que todo cambio y todo fenómeno sensible es ilusorio, calificándolos más bien como reales, pero no del todo, como una sombra de la realidad inmutable, de la eternidad de las ideas. De esta manera emergería la noción de que la materia es algo así como la prisión del alma o de que -la idea es de Plotino- es el alma la que tiene un cuerpo (y somos entonces eminentemente seres espirituales teniendo una experiencia material). El idealismo tendría sus avatares, y en su famosa reaparición en el idealismo alemán, particularmente en Hegel y Schelling, tendríamos una versión procesal en la que la mente o el espíritu (geist) sí evoluciona a través de la materia y la historia se convierte en el proceso de manifestación y desarrollo del espíritu absoluto (Hegel). No obstante, este espíritu o Dios precede a la existencia material, a la cual cincela como un artista, para convertir el universo entero en su escultura o poema.

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La alquimia como una ciencia sacramental, un bautismo de fuego, una comunión espiritual y una transfiguración teofánica

La narrativa moderna nos cuenta que la alquimia, pese a todas sus especulaciones metafísicas y sus desaforadas pretensiones de transformar los elementos (de hacer oro del plomo y demás), fue una protoquímica y esto es lo que debe rescatarse. Con la alquimia ocurrió, nos dicen los profesores universitarios, algo similar a lo sucedido con la astrología, que en toda su locura y superstición acabó por engendrar directa e indirectamente a la astronomía, y podemos descartar todo lo mágico-espiritual y quedarnos con lo químico o físico. Así entonces, lo que hacía Newton de noche en su laboratorio alquímico -o sus especulaciones apocalípticas- es sólo una curiosa anécdota de la historia a la cual no debemos prestar mucha atención.

Pero querer apropiarse de la alquimia sugiriendo que tiene un valor histórico pero sólo como antecedente, es desarmarla y robarle su propia quintaesencia. Pues la alquimia no es un disparatado proyecto que fue luego reconducido hacia los límites de la razón instrumental científica, que fue salvado de sí mismo. La alquimia es parte de una visión radicalmente distinta a la de la ciencia moderna, si bien comparte con ella su investigación de la materia. La alquimia está lejos de ciertas lecturas platónicas y neoplatónicas que conciben al ascetismo o la práctica filosófica como un olvido del cuerpo y como una dirección puramente espiritual y celestial. Pues, y en este sentido es similar al tantra y a la teúrgia, la alquimia reconoce que para la liberación o redención del alma y del mundo es necesario operar en la materia, ya sea en la naturaleza como conjunto o en el cuerpo del ser humano. La alquimia es una ciencia espiritual -una ciencia de espiritualizar el mundo, de crear, como exhortó el apóstol Pablo, un soma pneumatikon-, y por lo tanto una contradicción en relación a la ciencia moderna, que no es ciencia sino porque es sólo material. En este sentido, es obvio que la alquimia occidental debe considerase mayormente como una heterodoxia cristiana (e islámica en su transición de la antigüedad a la Europa renacentista). Ya Carl Jung estudió extensamente la relación entre Cristo y la pierda filosofal, siendo la obra magna de la alquimia en cierta forma la cristificación del alquimista o, a la par, la purificación de la naturaleza -del pecado del mundo- para que el espíritu pueda encarnar y vehicular el mundo hacia un estado paradisíaco. 

La lectura de Jung de la alquimia es harto conocida -y controversial en muchos sentidos, aunque no en la preponderancia de Cristo en la opus, siendo éste el arquetipo del dios-hombre o de la deificación del alquimista-. Menos conocido es el interés en la alquimia del teólogo ortodoxo Olivier Clément (1922-2009), un hombre de enorme erudición que se interesó por la alquimia, la cábala y las religiones orientales en su juventud. Clément escribe perspicazmente en su ensayo L'oeil du feu:

La alquimia contrario a lo que se repite en las historias de la ciencia, nunca ha sido, salvo en sus aspectos más opacos, un tipo de química infantil y titubeante. Era una ciencia "sacramental" para la cual las apariencias materiales no tenían ninguna autonomía, sino que representaban solamente la "condensación" de realidades mentales y espirituales. La naturaleza, cuando uno penetra su espontaneidad  y su misterio, se hace transparente: por un lado se transfigura bajo la luminosidad de las energías divinas y por el otro incorpora y simboliza los estados "angélicos" que el hombre caído sólo puede experimentar por breves momentos, escuchando una música y contemplando una faz.

Este párrafo recuerda lo dicho por el profesor Gilles Quispel, quien sugirió que la alquimia era "el yoga de los gnósticos". Sin embargo, Clément no es tan raudo en relacionar la alquimia con el gnosticismo y considera que en realidad la alquimia y el cristianismo crecieron simbióticamente. En este sentido merece recordarse que, por citar sólo algunos ejemplos, Alberto Magno, Roger Bacon, y presumiblemente el mismo Tomás de Aquino practicaron este arte hermético. Y el mismo Hermes Trismegisto había sido incluido en el colegio de los santos en un panel en la Catedral de Siena.

La lectura de Clément da en el blanco cuando señala que la alquimia era una ciencia sacramental, donde la naturaleza misma era vista como un templo en el cual celebrar la eucaristía o algún otro sacramento con el que el hombre se unía con Dios, y el cielo con la Tierra. La palabra sacramento es usada para traducir "misterio" en el cristianismo. El sacramento es el encuentro con el misterio; para los alquimistas la naturaleza era ese templo viviente que contenía el misterio de la redención del mundo y la resurrección del cuerpo. Y la transmutación de los elementos era una transfiguración también del alquimista, una recapitulación de la creación del cosmos y la pasión de Cristo.