En 1941, Jack Parsons fundó el Jet Propulsion Laboratory con fondos otorgados por la National Academy of Sciencies. Su misión era desarrollar mejores técnicas y combustibles para las fuerzas aéreas. Este fue el primer grupo de investigación de ingeniería espacial subsidiado por el gobierno estadounidense.
Uno de sus experimentos principales, llamado "Jet-Asssited Take Off" (JATO), fue un combustible sólido con suficiente estabilidad como para ser almacenado indefinidamente. Con el tiempo, otras versiones desarrolladas a partir de ésta serían utilizadas para transbordadores espaciales de la NASA y misiles militares.
En ese mismo año, Jack comenzó una relación con la hermana menor de su esposa, de tan sólo 17 años, por recomendación de la iglesia a la que pertenecía; mientras, su esposa frecuentaba a uno de los miembros más antiguos de la logia. Todos ellos, junto a otros creyentes, habitaron durante meses una gran casa en la que el intercambio de parejas sexuales y el uso de drogas era cotidiano. Pertenecían al culto "Thelema", fundado bajo la filosofía de Aleister Crowley.
Ante el escándalo local y el constante hostigamiento de la policía y el FBI, terminó por ser expulsado del grupo de investigación y de la compañía Aerojet, en la que trabajaba, para fundar Ad Astra Engeneering Company.
En 1945, Ron L. Hubbard, famoso escritor de ciencia ficción, se mudó a la gran casa ocultista en Pasadena, California. Jack, celoso del súbito enamoramiento de su esposa, aumentó su interés por la magia negra y los fenómenos paranormales; se involucró más en los rituales ocultistas que implicaban masturbación sobre tablas mágicas al ritmo de la música, entre otras actividades. El poco dinero que le quedaba lo perdió invirtiendo en una supuesta franquicia de yates manejada por Hubbard. Su esposa terminaría huyendo con éste para fundar juntos la Cienciología.
Ya en la bancarrota, Parsons invocaría con insistencia a su pareja ideal hasta que ésta tomó forma en Marjorie Cameron, de quien se enamoraría perdidamente y a la que dedicaría un libro entero de poesía titulado Canciones para la mujer bruja.
Él definía su interés por la ciencia y las artes ocultas como la herencia lógica de figuras renacentistas como Newton que buscaban por distintos medios la expansión de la mente y el arte. Imaginaba nuevas formas de empujar los límites de la humanidad a través de la técnica y la magia, soñaba con un viaje en cohete a la luna.
Trabajó como mecánico, manufacturero y coordinador hospitalario. Tuvo un breve periodo como pirotécnico para la industria cinematográfica de Hollywood. Tristemente, este período acabó con una explosión del que salió gravemente herido. Sus amigos sospechaban que detrás del supuesto accidente existía una conspiración para acabar con su vida.
Muchos de sus herederos y colegas piensan que Jack Parsons no ha recibido el crédito ni el reconocimiento que merece como fundador de uno de los centros de investigación clave que permitió la exploración espacial. Su legado científico ha sido opacado por la mala fama que sus creencias le provocaron.