En una cueva subacuática de Tulum, Quintana Roo, conocida como Hoyo Negro, se encontró el resto humano más antiguo que se conoce en América. Se trata de un esqueleto, genéticamente intacto, de una joven de entre 15 y 16 años de edad; el cual fue bautizado como La joven de Hoyo Negro o Naia, haciendo alusión a la ninfa de la mitología griega.
En mayo de 2007, un grupo de buzos exploraban un túnel lleno de agua de unos 10 metros de profundidad y 1 200 metros de largo. Cuando cayeron en un pozo completamente negro, sus luces iluminaron algunos huesos enormes de animales y un cráneo. Tras un análisis, se concluyó que Naia tenía entre 12 mil y 13 mil años de antigüedad, convirtiéndola en la mujer más antigua del continente americano.
Tras un riguroso análisis de su ADN mitocondrial, se descubrió que Naia murió dentro de la cueva, la cual se inundó después de la última glaciación hace 10 mil años. La investigadora Pilar Luna, encargada del proyecto, sospecha que Naia falleció “posiblemente cuando fue en busca de agua y se cayó.” Incluso se analizaron elementos del territorio para comprender los cambios ambientales, confirmando que, durante la edad de hielo, el nivel del mar era de 120 metros más abajo que el actual.
Este descubrimiento confirma la teoría que los primeros pobladores del continente proceden de Siberia (y no de Asia del Sur ni de Europa ni de África, como algunas hipótesis llegaron a señalar). Los paleoamericanos, precursores de los indígenas actuales, pasaron por el Estrecho de Bering o la zona de Beringia, y por consiguiente adaptándose en el continente. Por ello, de acuerdo con un estudio en el Museo Nacional de Antropología, “las diferencias en la forma cráneo-facial entre los indígenas contemporáneos y sus predecesores paleoamericanos se deben a cambios evolutivos posteriores al viaje por Beringia, cuando tomaron rumbos distintos de sus ancestros siberianos.”
Dominique Rissolo, arqueólogo del Instituto Waitt, considera que tanto los cenotes como las cuevas inundadas de la Península de Yucatán son las fuentes más convenientes para el estudio del ser humano paleoamericano: “Hoyo Negro es una cápsula de tiempo que ha conservado la información sobre el clima y la vida humana, animal y vegetal que existían al final de la última era de hielo.” Ya que, además de los restos de Naia, también se descubrieron restos de otros 26 mamíferos del Pleistoceno Tardío (hace 36 mil años): como el tigre dientes de sable, el perezoso Shasta de tierra, el tapir gigante, el cerdo de monte, un cerdo de monte, un oso, un coyote, un lince, entre otros.