Un tercio de los 37 distritos de Santago tiene un centro de salud intercultural con un machi (un chamán Mapuche) entre su equipo médico. El programa inició en 1996 para responder a las necesidades de los Mapuche, que, con una población de 900 mil, componen el 85% de la población indígena chilena. En el 2006 abrió el primer hospital Mapuche en el pueblo de Nueva Imperial. Actualmente la medicina mapuche ha logrado integrarse de forma amplia y se ha vuelto popular también entre no-mapuches. El viagra natural de los Mapuches, el palwen, se ha vuelto especialmente solicitado.
El programa de salud intecultural tiene sus detractores y algunos médicos alópatas y otros miembros de la sociedad chilena critican la medicina tardicional, alegando que es una seudociencia. Los mapuches consideran que existen tres causas para una enfermedad: física, psicológica, o supernatural, y las tratan de forma integral, a diferencia de la medicina occidental en la que el cuerpo se segmenta y se concibe de forma parcial, lo que en ocasiones provoca que el procedimiento y los medicamentos usados para curar una enfermedad desencadene otra en otra parte del cuerpo.