Se ha vinculado a HAARP con los llamados chemtrails (o estelas químicas) que supuestamente llenan la atmósfera con químicos como cadmio, cromio, aluminio bario entre otros en cantidades tóxicas.
Según William Thomas, el periodista que desveló por primera vez el tema, la presencia de los chemtrails se intensificó desde 1997 (antes de esto casi no se observaban en el cielo).
Los que sostienen que los chemtrails son reales y no sólo contrails, argumentan que los chemtrails permanecen demasiado tiempo en el aire a diferencia de las estelas dejadas normalmente por los aviones y forman patrones característicos (como líneas paralelas o figuras en forma de x); se ha detectado un olor peculiar cuando aparecen estas nubes así como una baja altitud.
Según Thomas existen doumentos del gobierno que hablan de los chemtrails y el whistleblower "deep sky" ha confirmado su existencia.
Los chemtrails tendrían extraños efectos sobre la salud de las poblaciones roceadas (especie de agente pimienta de la Guerra de Vietnam) o servirían para bloquear partículas energéticas que provienen del espacio.